HEADER HYDROLASE INHIBITOR 24-JAN-09 SMS20071 TITLE PROBING THE BIOACTIVE CONFORMATION OF AN ARCHETYPAL NATURAL PRODUCT TITLE 2 HDAC INHIBITOR USING CONFORMATIONALLY HOMOGENEOUS TRIAZOLE-MODIFIED TITLE 3 CYCLIC TETRAPEPTIDES COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: CYCLO[TRP-ILE-1,4-SUB-(1,2,3)-TRIAZOLE-D-ALA-AOD]; COMPND 3 CHAIN: A; COMPND 4 ENGINEERED: YES; COMPND 5 OTHER_DETAILS: ANALOGUES OF APICIDIN SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 SYNTHETIC: YES; SOURCE 3 ORGANISM_SCIENTIFIC: SYNTHETIC CONSTRUCT; SOURCE 4 ORGANISM_TAXID: 32630; SOURCE 5 OTHER_DETAILS: CHEMICAL SYNTHESIS KEYWDS DRUG DESIGN, CYCLIC PEPTIDES, HISTONE DEACTYLASE, HISTONE DEACETYLASE KEYWDS 2 INHIBITOR, TRIAZOLE, STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP, HYDROLASE KEYWDS 3 INHIBITOR EXPDTA SOLUTION NMR NUMMDL 23 AUTHOR J.M.BEIERLE JRNL AUTH W.S.HORNE,C.A.OLSEN,J.M.BEIERLE,A.MONTERO,M.R.GHADIRI JRNL TITL PROBING THE BIOACTIVE CONFORMATION OF AN ARCHETYPAL NATURAL JRNL TITL 2 PRODUCT HDAC INHIBITOR WITH CONFORMATIONALLY HOMOGENEOUS JRNL TITL 3 TRIAZOLE-MODIFIED CYCLIC TETRAPEPTIDES JRNL REF ANGEW.CHEM.INT.ED.ENGL. V. 48 4718 2009 JRNL REFN ISSN 1433-7851 JRNL PMID 19267380 JRNL DOI 10.1002/ANIE.200805900 REMARK 2 REMARK 2 RESOLUTION. NOT APPLICABLE. REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT. REMARK 3 PROGRAM : CNS REMARK 3 AUTHORS : BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE, REMARK 3 JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN REMARK 3 REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS: NULL REMARK 4 REMARK 4 NULL COMPLIES WITH FORMAT V. 3.20, 01-DEC-08 REMARK 100 REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY PDBJ ON 11-NOV-10. REMARK 100 THE BMRB ID CODE IS SMS20071. REMARK 210 REMARK 210 EXPERIMENTAL DETAILS REMARK 210 EXPERIMENT TYPE : NMR REMARK 210 TEMPERATURE (KELVIN) : 300 REMARK 210 PH : NULL REMARK 210 IONIC STRENGTH : NULL REMARK 210 PRESSURE : NULL REMARK 210 SAMPLE CONTENTS : 1-10MM CYCLO[TRP-ILE-1,4-SUB-(1, REMARK 210 2,3)-TRIAZOLE-D-ALA-AOD]; DMSO-D6 REMARK 210 REMARK 210 NMR EXPERIMENTS CONDUCTED : 2D 1H-1H TOCSY; 2D 1H-1H ROESY REMARK 210 SPECTROMETER FIELD STRENGTH : 600 MHZ REMARK 210 SPECTROMETER MODEL : DRX REMARK 210 SPECTROMETER MANUFACTURER : BRUKER REMARK 210 REMARK 210 STRUCTURE DETERMINATION. REMARK 210 SOFTWARE USED : CNS REMARK 210 METHOD USED : SIMULATED ANNEALING REMARK 210 REMARK 210 CONFORMERS, NUMBER CALCULATED : 50 REMARK 210 CONFORMERS, NUMBER SUBMITTED : 23 REMARK 210 CONFORMERS, SELECTION CRITERIA : STRUCTURES WITH THE LEAST REMARK 210 RESTRAINT VIOLATIONS REMARK 210 REMARK 210 BEST REPRESENTATIVE CONFORMER IN THIS ENSEMBLE : 1 REMARK 210 REMARK 210 REMARK: NULL REMARK 215 REMARK 215 NMR STUDY REMARK 215 THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM SOLUTION REMARK 215 NMR DATA. PROTEIN DATA BANK CONVENTIONS REQUIRE THAT REMARK 215 CRYST1 AND SCALE RECORDS BE INCLUDED, BUT THE VALUES ON REMARK 215 THESE RECORDS ARE MEANINGLESS. REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. REMARK 350 REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS REMARK 350 GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 600 REMARK 600 HETEROGEN REMARK 600 UVR IS USED FOR RESIDUE WHICH IS UNDEFINED IN THE CHEMICAL REMARK 600 COMPONENT DICTIONARY BY THE PDB AT THE TIME OF PROCESSING. REMARK 600 IN THIS ENTRY, UVR IS USED FOR THREE UNIQUE MOLECULES. REMARK 600 UVR 4 IS FOR (2S)-2-AMINO-8-OXODECANOIC ACID (S-AODA). REMARK 600 UVR 2 IS A MODIFIED LEU WITH ALKYNE FOR FORMING OF REMARK 600 1,4-DISUBSTITUTED-1,2,3-TRIAZOLE. IT WAS L-LEU-CCH AS A REMARK 600 STARTING MATERIAL. REMARK 600 UVR 3 IS A MODIFIED D-ALA WITH THREE NITROGENS OF REMARK 600 1,4-DISUBSTITUTED-1,2,3-TRIAZOLE. IT WAS D-ALA AZIDE AS A REMARK 600 STARTING MATERIAL. REMARK 900 REMARK 900 RELATED ENTRIES REMARK 900 RELATED ID: 20071 RELATED DB: BMRB REMARK 900 RELATED ID: 20072 RELATED DB: BMRB REMARK 900 CYCLO[TRP-LEU-1,5-SUB-(1,2,3)-TRIAZOLE-D-ALA-AOD] REMARK 900 RELATED ID: 20073 RELATED DB: BMRB REMARK 900 CYCLO[TRP-D-LEU-1,5-SUB-(1,2,3)-TRIAZOLE-D-ALA-AOD] DBREF A 1 4 BMRB SMS20071 SMS20071 1 4 SEQRES 1 A 4 TRP UVR UVR UVR HET UVR A 2 20 HET UVR A 3 11 HET UVR A 4 30 FORMUL 1 UVR LINK N TRP A 1 C UVR A 4 1555 1555 1.33 LINK C TRP A 1 N UVR A 2 1555 1555 1.32 LINK CT5 UVR A 2 NT1 UVR A 3 1555 1555 1.33 LINK CT4 UVR A 2 NT3 UVR A 3 1555 1555 1.35 LINK C UVR A 3 N UVR A 4 1555 1555 1.33 CRYST1 1.000 1.000 1.000 90.00 90.00 90.00 P 1 1 ORIGX1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SCALE1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SCALE2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SCALE3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 MODEL 1 ATOM 1 N TRP A 1 8.734 1.261 0.978 1.00 0.00 N ATOM 2 CA 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HETATM 79 HY2 UVR A 4 5.084 -3.013 -6.105 1.00 0.00 H HETATM 80 CZ UVR A 4 3.066 -2.806 -5.473 1.00 0.00 C HETATM 81 HZ1 UVR A 4 2.592 -3.773 -5.544 1.00 0.00 H HETATM 82 HZ2 UVR A 4 2.719 -2.212 -6.306 1.00 0.00 H HETATM 83 HZ3 UVR A 4 2.423 -2.591 -4.632 1.00 0.00 H HETATM 84 C UVR A 4 8.885 0.633 -0.183 1.00 0.00 C HETATM 85 O UVR A 4 8.359 0.985 -1.237 1.00 0.00 O TER 86 UVR A 4 ENDMDL MODEL 2 ATOM 1 N TRP A 1 8.740 1.262 0.979 1.00 0.00 N ATOM 2 CA TRP A 1 7.929 2.465 1.173 1.00 0.00 C ATOM 3 C TRP A 1 6.626 1.885 1.641 1.00 0.00 C ATOM 4 O TRP A 1 5.781 1.480 0.844 1.00 0.00 O ATOM 5 CB TRP A 1 7.726 3.288 -0.078 1.00 0.00 C ATOM 6 CG TRP A 1 8.985 3.564 -0.844 1.00 0.00 C ATOM 7 CD1 TRP A 1 9.106 3.688 -2.199 1.00 0.00 C ATOM 8 CD2 TRP A 1 10.301 3.749 -0.306 1.00 0.00 C ATOM 9 NE1 TRP A 1 10.414 3.938 -2.537 1.00 0.00 N ATOM 10 CE2 TRP A 1 11.167 3.981 -1.392 1.00 0.00 C ATOM 11 CE3 TRP A 1 10.833 3.743 0.988 1.00 0.00 C ATOM 12 CZ2 TRP A 1 12.531 4.204 -1.225 1.00 0.00 C ATOM 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ATOM 7 CD1 TRP A 1 9.479 3.378 -1.932 1.00 0.00 C ATOM 8 CD2 TRP A 1 9.889 4.731 -0.196 1.00 0.00 C ATOM 9 NE1 TRP A 1 10.655 4.040 -2.185 1.00 0.00 N ATOM 10 CE2 TRP A 1 10.929 4.877 -1.135 1.00 0.00 C ATOM 11 CE3 TRP A 1 9.933 5.487 0.979 1.00 0.00 C ATOM 12 CZ2 TRP A 1 11.999 5.745 -0.933 1.00 0.00 C ATOM 13 CZ3 TRP A 1 10.996 6.349 1.178 1.00 0.00 C ATOM 14 CH2 TRP A 1 12.015 6.472 0.225 1.00 0.00 C ATOM 15 H1 TRP A 1 9.097 0.822 1.770 1.00 0.00 H ATOM 16 HA TRP A 1 8.366 3.061 1.958 1.00 0.00 H ATOM 17 HB2 TRP A 1 7.161 2.698 -0.795 1.00 0.00 H ATOM 18 HB3 TRP A 1 7.120 4.146 0.194 1.00 0.00 H ATOM 19 HD1 TRP A 1 9.012 2.653 -2.582 1.00 0.00 H ATOM 20 HE1 TRP A 1 11.208 3.931 -2.986 1.00 0.00 H ATOM 21 HE3 TRP A 1 9.157 5.405 1.725 1.00 0.00 H ATOM 22 HZ2 TRP A 1 12.792 5.853 -1.658 1.00 0.00 H ATOM 23 HZ3 TRP A 1 11.047 6.940 2.080 1.00 0.00 H ATOM 24 HH2 TRP A 1 12.826 7.158 0.424 1.00 0.00 H HETATM 25 N UVR A 2 6.589 1.662 2.940 1.00 0.00 N HETATM 26 CT4 UVR A 2 5.912 -0.519 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HETATM 30 CA UVR A 2 5.543 0.888 3.542 1.00 0.00 C HETATM 31 HA UVR A 2 5.616 1.044 4.613 1.00 0.00 H HETATM 32 CB UVR A 2 4.120 1.300 3.035 1.00 0.00 C HETATM 33 HB UVR A 2 4.184 2.316 2.676 1.00 0.00 H HETATM 34 CG1 UVR A 2 3.128 1.264 4.199 1.00 0.00 C HETATM 35 HG11 UVR A 2 3.437 0.506 4.903 1.00 0.00 H HETATM 36 HG12 UVR A 2 2.147 1.017 3.819 1.00 0.00 H HETATM 37 CG2 UVR A 2 3.608 0.435 1.881 1.00 0.00 C HETATM 38 HG21 UVR A 2 3.116 -0.440 2.279 1.00 0.00 H HETATM 39 HG22 UVR A 2 4.433 0.129 1.257 1.00 0.00 H HETATM 40 HG23 UVR A 2 2.905 1.003 1.292 1.00 0.00 H HETATM 41 CD1 UVR A 2 3.018 2.577 4.943 1.00 0.00 C HETATM 42 HD11 UVR A 2 2.890 2.383 5.998 1.00 0.00 H HETATM 43 HD12 UVR A 2 2.170 3.132 4.572 1.00 0.00 H HETATM 44 HD13 UVR A 2 3.920 3.152 4.791 1.00 0.00 H HETATM 45 NT1 UVR A 3 7.043 -2.313 2.671 1.00 0.00 N HETATM 46 NT2 UVR A 3 5.726 -2.582 2.486 1.00 0.00 N HETATM 47 NT3 UVR A 3 5.038 -1.500 2.821 1.00 0.00 N HETATM 48 CA UVR A 3 8.085 -3.290 2.300 1.00 0.00 C 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4 ENDMDL MODEL 16 ATOM 1 N TRP A 1 8.739 1.252 0.974 1.00 0.00 N ATOM 2 CA TRP A 1 7.928 2.454 1.177 1.00 0.00 C ATOM 3 C TRP A 1 6.630 1.868 1.649 1.00 0.00 C ATOM 4 O TRP A 1 5.797 1.432 0.854 1.00 0.00 O ATOM 5 CB TRP A 1 7.710 3.285 -0.071 1.00 0.00 C ATOM 6 CG TRP A 1 8.976 3.749 -0.726 1.00 0.00 C ATOM 7 CD1 TRP A 1 9.455 3.371 -1.948 1.00 0.00 C ATOM 8 CD2 TRP A 1 9.922 4.685 -0.196 1.00 0.00 C ATOM 9 NE1 TRP A 1 10.641 4.013 -2.208 1.00 0.00 N ATOM 10 CE2 TRP A 1 10.950 4.824 -1.147 1.00 0.00 C ATOM 11 CE3 TRP A 1 10.001 5.417 0.993 1.00 0.00 C ATOM 12 CZ2 TRP A 1 12.041 5.666 -0.948 1.00 0.00 C ATOM 13 CZ3 TRP A 1 11.084 6.253 1.190 1.00 0.00 C ATOM 14 CH2 TRP A 1 12.091 6.372 0.224 1.00 0.00 C ATOM 15 H1 TRP A 1 9.105 0.810 1.766 1.00 0.00 H ATOM 16 HA TRP A 1 8.370 3.047 1.968 1.00 0.00 H ATOM 17 HB2 TRP A 1 7.148 2.706 -0.781 1.00 0.00 H ATOM 18 HB3 TRP A 1 7.139 4.153 0.213 1.00 0.00 H ATOM 19 HD1 TRP A 1 8.962 2.668 -2.603 1.00 0.00 H ATOM 20 HE1 TRP A 1 11.179 3.907 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HETATM 41 CD1 UVR A 2 2.078 2.344 4.138 1.00 0.00 C HETATM 42 HD11 UVR A 2 1.303 2.045 3.448 1.00 0.00 H HETATM 43 HD12 UVR A 2 2.526 3.266 3.800 1.00 0.00 H HETATM 44 HD13 UVR A 2 1.648 2.491 5.118 1.00 0.00 H HETATM 45 NT1 UVR A 3 7.043 -2.316 2.670 1.00 0.00 N HETATM 46 NT2 UVR A 3 5.726 -2.583 2.485 1.00 0.00 N HETATM 47 NT3 UVR A 3 5.040 -1.501 2.823 1.00 0.00 N HETATM 48 CA UVR A 3 8.084 -3.293 2.298 1.00 0.00 C HETATM 49 HA UVR A 3 7.693 -4.036 1.626 1.00 0.00 H HETATM 50 CB UVR A 3 8.660 -3.993 3.521 1.00 0.00 C HETATM 51 HB1 UVR A 3 8.876 -5.023 3.278 1.00 0.00 H HETATM 52 HB2 UVR A 3 7.943 -3.957 4.328 1.00 0.00 H HETATM 53 HB3 UVR A 3 9.570 -3.497 3.825 1.00 0.00 H HETATM 54 C UVR A 3 9.194 -2.540 1.546 1.00 0.00 C HETATM 55 O UVR A 3 10.384 -2.799 1.718 1.00 0.00 O HETATM 56 N UVR A 4 8.750 -1.575 0.742 1.00 0.00 N HETATM 57 HN UVR A 4 7.788 -1.423 0.700 1.00 0.00 H HETATM 58 CA UVR A 4 9.608 -0.693 -0.042 1.00 0.00 C HETATM 59 HA UVR A 4 10.525 -0.553 0.504 1.00 0.00 H 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