# set root=ft/A%03d.ft3 set thres=6.4e3 setenv PK_FONT_SIZE 9 setenv SCLFONT_SIZE 10 setenv TXT_FONT_SIZE 12 #setenv POS1_COLOR "light blue" #setenv POS2_COLOR "light blue" #setenv NEG1_COLOR "light blue" #setenv NEG2_COLOR "light blue" #setenv BACK_COLOR "light blue" setenv VIEW_IN_PORTRAIT 1 setenv SWITCH_XY_AXIS 1 setenv PLOT_CONTOURS 0 setenv MARK_PEAKS 0 setenv MARK_ID 1 #setenv WRITE_SIM_RMS 0 #setenv RIDGE_SUMM 0 #setenv REPORT_XY_PARAB 0 #setenv REPORT_EXTREMA 0 setenv PRINTER kozmo setenv PRINT_COM lpr #setenv POSITIVE_ONLY 1 #setenv NEGATIVE_ONLY 1 #setenv SLEEP_TIME 0.010 setenv MAX_LVLS 30 setenv ACQ_PRM_FRMT NMRI_PIPE setenv DIM_COUNT 3 setenv FRACTION_X 0.55 setenv FRACTION_Y 0.55 #setenv SLICE_START_Z 1 #setenv SLICE_END_Z 256 #cp ../../assign/update.cs update.cs setenv STAPP_PAR_FL stapp.par #setenv SHIFT_FL_NM cbcaconh-1.shifts #cp cbcaconh-2.shifts Junk.shifts unalias cp cp 66040-22-tmp.shifts Junk.shifts alias cp 'cp -i' setenv SHIFT_FL_NM Junk.shifts #setenv ASGNMT_READ_ONLY TRUE setenv XVW_LBL_FRMT 2 setenv PK_WR_ASSIGN 1 setenv USE_EXTREMA 1 #setenv STD_OUT_CMND my_com #these three lines below are used to set up contour averaging setenv XVW_DSPLY_CTL 1 #setenv ELL_FRACT_MIDL_LVL 0.45 #setenv ELL_PERC_MIDL_USE 30 setenv XVW_MAX_PK_XSAME 8.0 setenv XVW_MAX_PK_YSAME 8.0 setenv XVW_MAX_PK_ZSAME 8.0 setenv PK_FILE_NAME hnco-6.PCK #setenv PK_TBL_FRMT "%6.3f %6.3f %7.2f" setenv PK_TBL_FRMT "%8.3f" setenv INTENS_PCK_FRMT "%8.6e" setenv INTENS_PIPP_FRMT "%8.6e" /usr2/Pipp/bin/pipp $root $thres 1.25